Comment générer du XML JATS depuis Word : options, erreurs fréquentes et validation

Presque tous les articles scientifiques commencent leur vie sous la forme d’un fichier Word. Mais les bases de données qui offrent le plus de visibilité à une revue — PubMed Central, SciELO, Redalyc — ne lisent pas Word : elles exigent du XML JATS, un format qui décrit la structure de l’article de manière compréhensible par les machines. Comment, alors, générer du XML JATS depuis Word ?

Passer de l’un à l’autre est l’un des goulets d’étranglement les plus courants de la production éditoriale. Dans ce guide, nous passons en revue les options existantes, les erreurs les plus fréquentes et la manière de vérifier que le XML est correct avant de l’envoyer.

Ce que doit contenir un XML JATS

JATS (Journal Article Tag Suite) correspond à la norme ANSI/NISO Z39.96. Un article en JATS se divise en trois grands blocs :

• front : métadonnées de la revue et de l’article (titre, auteurs, affiliations, ORCID, résumé, mots-clés, dates, DOI, licence).
• body : le texte, organisé en sections, avec ses tableaux, figures, formules et citations.
• back : références bibliographiques, remerciements, financement, matériel supplémentaire.

La difficulté ne consiste pas seulement à convertir le texte, mais à identifier correctement chaque élément : chaque auteur doit être relié à son affiliation, chaque référence décomposée en auteurs, titre, revue, année et DOI, et chaque tableau doit être un vrai tableau, et non une image.

Quatre façons de passer de Word au XML JATS

1. Le balisage manuel

Une personne balise l’article à l’aide d’un éditeur XML ou des outils de balisage proposés par certaines bases de données. Cette méthode offre un contrôle total, mais exige une formation spécifique et demande des heures par article. C’est aussi la plus exposée aux erreurs dues à la fatigue.

2. Un prestataire externe

On envoie l’article final et on reçoit le XML. C’est pratique, mais cela a un coût à la page et allonge les délais : chaque correction ultérieure doit être commandée à nouveau, et le XML risque de se désynchroniser du PDF.

3. Plugins et convertisseurs génériques

Il existe des convertisseurs et des plugins (pour OJS, par exemple) qui transforment un fichier Word en XML. Ils fonctionnent bien avec des documents très propres, mais échouent souvent face à des tableaux complexes, des références non structurées ou des styles Word incohérents. Le résultat nécessite presque toujours une révision manuelle.

4. La production automatisée à partir d’une source unique

Des outils comme Index Production structurent l’article une seule fois à partir du fichier Word et génèrent, depuis cette même source, le XML JATS, le PDF, le HTML et l’EPUB. Le principal avantage est que les formats ne se désynchronisent jamais : une correction est appliquée une fois et se répercute partout.

Les erreurs fréquentes qui entraînent des rejets

Une étude publiée en 2025 dans la revue Infonomy (Lázaro-Rodríguez) a analysé des fichiers JATS d’articles déjà publiés et a relevé des erreurs récurrentes. Parmi les plus courantes :

• Un XML qui ne se valide pas par rapport à la DTD ou au schéma JATS.
• Une structure incomplète : il manque des éléments attendus, comme les affiliations, les dates ou la licence.
• Un usage incorrect des éléments et des attributs, ou des éléments obsolètes.
• Des écarts entre formats : le XML ne correspond pas au PDF publié du même article.
• Une déclaration de langue incorrecte, notamment dans les articles comportant des résumés en plusieurs langues.

S’y ajoutent des problèmes pratiques très courants : références non décomposées, figures non liées, caractères spéciaux mal encodés et tableaux convertis en images.

Comment valider le XML avant de l’envoyer

1. Validez-le par rapport à la DTD ou au schéma de la version de JATS exigée par la base de données de destination.
2. Utilisez les validateurs officiels : PubMed Central propose des outils de validation de fichiers et un vérificateur de style, et l’initiative JATS4R (NISO) met à disposition un validateur fondé sur ses recommandations de bonnes pratiques.
3. Vérifiez les exigences propres à chaque base de données : SciELO, par exemple, utilise son propre schéma fondé sur JATS, SciELO PS.
4. Comparez le XML au PDF : titre, auteurs, affiliations, nombre de tableaux et de figures et nombre de références doivent concorder.
5. Examinez un rendu : visualiser le XML converti en HTML aide à repérer les éléments manquants.

Quelle option convient à votre revue

Si vous publiez peu d’articles par an et qu’un membre de l’équipe maîtrise le balisage, la méthode manuelle peut suffire. Si le volume augmente, ou si vous devez aussi publier en HTML et en EPUB, le meilleur gain de temps consiste à produire tous les formats à partir d’une source unique.

Pour voir le rendu de l’un de vos articles, vous pouvez nous demander un essai avec un manuscrit de votre revue sur la page XML JATS. Et si vous souhaitez savoir combien de temps vous pourriez gagner, essayez le calculateur d’économies.